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Kireg

24/05/2020 à 09h50

@JL13 : Page 720, message de 13h13.

Kireg

24/05/2020 à 09h52

Page 721, pardon.

JL13

24/05/2020 à 10h27

Hi ! Hi ! Merci, j'avais commencé ton "pavé", mais, pour dieu sait quelle raison, (interruption extérieure ???), je n'avais pas été jusqu'au bout !

Merci de votre patience et de vos apports...

JL13

24/05/2020 à 10h33

Je viens de stocker ça....pour tenter d'expliquer à mon entourage et de "digérer" aussi !

Kireg

24/05/2020 à 10h35

Hésite pas si t’as des questions. C’est un gros morceau, ce message.

Gérard Scolaire

24/05/2020 à 12h58

Utaka Souley
23/05/2020 à 18h22

Juste un petit addendum à l'exposé, toujours très clair et synthétique, de Gérard. Il décrit assez vaguement la répartition de son temps de travail, et il explique qu'une partie de ce temps est consacrée à l'administration de la recherche. Je ne connais pas certainement pas Gérard, mais il y a fort à parier qu'une partie de ce temps "d'administration" c'est de la recherche de financements.
----
En fait, quand je demande des financements pour moi, je compte ça comme de la recherche. Ça ne prend pas tant de temps que ça une fois qu'on a bien intégré la dizaine (!) de dispositifs disponibles (ce qui évite de demander pour rien au mauvais guichet), qu'on a des «modèles» pour remplir les parties inintéressantes (expliquer pourqoi le labo, l'équipe et le porteur de projet sont géniaux; ou établir un budget prévisionnel et estimer les «coûts environnés»), et qu'on s'astreint à envoyer le même dossier plusieurs années successives jusqu'à ce qu'il passe (ensuite on est tranquille pour 3 ou 4 ans). Peut-être 2 jours par an en moyenne : 1 jour pour une demande de support de thèse ou post-doc, 1 jour pour des demandes d'argent. Ça prend en compte le fait qu'une fois qu'un dossier est passé, il faut en écrire un nouveau.

Je compte aussi comme de la recherche les choses qui ont un fort contenu «recherche» mais si elles comportent une partie «administrative» non négligeable : organiser un séminaire régulier ou une grosse conférence (avec appel à contribution, panel de choix de programme et publications d'actes), éditer un ouvrage collectif ou une revue régulière, et bien sûr écrire des rapports ou arbitrer sur des articles proposés pour publication. Même s'il n'y a en général pas production de savoir, je rajoute le transfert (industriel ou vers la société : intervention dans les établissement scolaires, Fête de la science, etc.) dans la recherche : parfois juste réfléchir pour bien expliquer ou répondre à une question inattendue fait progresser ta propre recherche.

--
Non, ce que je sous-entendais par administration de la recherche, c'est plutôt

- l'évaluation de toutes les demandes de financement, déposées par des collègues et pour lesquelles on te sollicite comme expert (la majorité est interne au système français, mais on est aussi sollicité par des agences de financement étrangères ou au niveau européen)

- l'analyse et classement des demandes dans le cadre des conseils du laboratoire : quand des demandes sont déposées, le labo doit les approuver (et s'engager à les soutenir) et souvent les prioriser. Ce qui nécessite une discussion raisonablement transparente, donc une instruction, des rapports, de longs débats pour arbitrer...; ça va de la petite demande de financement au plan des gestions des emplois de l'université : 1 à 2 mois de psychodrame annuel pour préparer le recrutement de permanents ou contractuels (ATER, doctorants, post-docs)

- le rapport d'activité quinquennal du laboratoire (et projet pour la contractualisation à venir), pour évaluation HCERES. C'est un énorme boulot collectif sur 6 mois, pour nous 300 pages à la fin, dont plein d'annexes atrocement détaillées (compiler la liste exhaustive des productions de 400 personnes sur 5 ans est un bonheur, même avec HAL). Bien sûr, on est sollicité pour expertiser les rapports écrits par les copains et aller visiter leurs labos. Et écrire un rapport (une partie publique, une partie pour les tutelles du labo). Pour ceux qui ont la chance de faire partie d'une équipe projet INRIA, le rapport d'évaluation de l'équipe est annuel et public; en contrepartie, le rapport quinquennal est facile à écrire pour le labo...

- les dossiers à analyser et rapports à écrire pour les recrutements par comité de sélection (2 rapports par candidats, typiquement 50 à 100 pour un poste); transmis au candidat qui en fait la demande, donc hors de question de mal le faire y compris pour un dossier hors profil ou très faible : il faut expliquer en quoi. Bien sûr on est sollicité pour des recrutements dans les labos de son université (parfois comme «naïf non spécialiste», dans une autre discipline), mais surtout dans celui des autres universités françaises (comme extérieur).

--

Ça, ça concerne quasiment tous les permanents. Ensuite, on rajoute des choses, quand on a la chance d'être élu dans certaines instances; donc pas tout en même temps, ça alterne suivant les mandats, mais la majorité en a au moins un (à mon sens, tous les «vieux» comme moi devraient en avoir un). Sans tentative d'exhaustivité :

- même chose pour les conseils d'UFR, de «Collège» (ou «Département» ou «Faculté») qui regroupent plusieurs labos d'un même périmètre pour les grosses demandes remontées par les labos (les petites partent directement). Le plus gros est le plan de gestion des emplois; c'est le point-clé du budget annuel de l'université (vu l'imporance de la masse salariale) : à Bordeaux, ça concerne typiquement 800 emplois chaque année; les emplois d'enseignant-chercheurs, c'est de 20 à 100.

- même chose pour les conseils centraux de l'universite pour les grosses demandes remontées par l'échelon précédent.

- même chose pour les dossiers transmis au Conseil National des Universités (4 sessions : qualifications après la thèse ou l'habilitation, prime d'encadrement doctoral et de recherche, promotion de grade par voie nationale, suivi de carrière); une partie de ces dossiers sont ré-examinés par les conseils centraux (PEDR, promotion de grade par voie locale) : chaque demande de promotion est d'abord évaluée par le CNU, puis en cas d'échec par voie nationale par l'université; pour une répartition 50%/50% au final.

- même chose pour le comité national et les sections du CNRS.


Et il y a aussi des choses plus singulières mais qui peuvent être extrèmement lourdes :

- la gestion des feuilles de temps personnelles ou de l'équipe et des livrables dont on est responsable pour un gros projet (typiquement européen); c'est à la demi-journée près et c'est à cause de ça que je peux évaluer mon temps recherche...

- la gestion d'une structure de recherche : directeur d'un service comme la bibliothèque (ce qui va déjà inclure des aspects RH pour les personnels de la structure : recrutement, entretien annuel, argumentaires pour primes ou promotions); voire carrément du laboratoire. La même chose au niveau national, par exemple un GDR, une Fédération, etc.

Utaka Souley

24/05/2020 à 15h08

@Gérard

C'est encore pire que ce que je pensais, en fait. Du temps où j'étais chercheur apprenti, puis pratiquant (à l'INRIA) j'avais déjà connu les joies du rapport annuel, puis un peu du travail administratif dont tu parles (participation à l'organisation du symposium de fin de projet européen), mais évidemment, toute la partie administration des équipes de recherche m'était restée étrangère.

Mes copains qui sont restés à l'INRIA ou qui sont passés à la fac m'ont raconté des tas d'histoires, qui , entr'autres choses, mettent à mal la légende du chercheur enfermé dans sa tour d'ivoire.

Petit apparté, pendant que j'y suis, j'ai un bon copain (footeux d'ailleurs) qui a passé une bonne dizaine d'années à l'INRIA à Bordeaux, et un autre qui est maintenant à Zürich.

Kireg

24/05/2020 à 21h31

Quelques réflexions du soir.

En aucun cas il ne s'agit ici d'extrapoler ou de conclure. Je laisse libre cours aux idées sur base de lectures récentes et d'observations. J'émets des hypothèses, certainement bancales.



LES FAITS

- Depuis le début de la pandémie, seule l’immunité humorale (détection d’anticorps anti-SARS-CoV-2) est prise en compte pour considérer le statut immunitaire des populations.

- L’immunité cellulaire (importante dans une réponse antivirale) est largement ignorée, car difficile à mesurer.

- L’âge avancé et les comorbidités sont associés à un système immunitaire affaibli.

- Les personnes fragiles (âge avancé ou comorbidités) sont les victimes majoritaires du covid-19.

- Sur base de détection des anticorps uniquement, une très faible proportion de la population semble immunisée contre SARS-CoV-2 (4% en Belgique), valeur étonnamment faible.

- Les taux d’anticorps neutralisants anti-SARS-CoV-2 semblent corrélés au nombre de cellules T anti-virus chez les patients (https://tinyurl.com/y8rw8xh4).

- Des données suggèrent l’existence d’une immunité cellulaire croisée due à des coronavirus circulants (https://tinyurl.com/ydensnfc), tels que ceux donnant des symptômes de rhume.



LES QUESTIONS ET HYPOTHESES

- Pourrait-il exister des cellules T anti-SARS-CoV-2 en l’absence d’anticorps neutralisants contre ce même virus ?

- Se pourrait-il que l’immunité "réelle" des populations contre SARS-CoV-2 soit largement sous-estimée du fait de l’absence de mesure de l’immunité cellulaire ?

- Une immunité croisée préexistante (générée par des coronavirus froids circulants) ne pourrait-elle pas expliquer que certaines personnes ne développent pas de symptômes, et semblent « protégées » de ce virus ?

- Ces mêmes personnes ne pourraient-elles pas se débarrasser du virus sans développer de symptômes (grâce aux cellules T), en produisant ou non des d’anticorps ?

- Dans l’idée d’une telle immunité cellulaire, se pourrait-il que le virus ait circulé plus fortement que ce que l'on pense ? (tests sérologiques négatifs du fait d'une immunité cellulaire efficace, préexistante ou non, permettant de se debarrasser du virus sans réponse humorale notable).

- SARS-CoV-2 aurait-il en réalité déjà contaminé bon nombre de ses cibles potentielles (personnes à faible système immunitaire, ou sans immunité croisée préexistante) ?

- Toujours suivant cette idée, et en l’absence de mutation, une seconde vague ne deviendrait-elle pas improbable ?

gurney

24/05/2020 à 21h46

J'aime tes hypothèses Kireg ! Elles sont plus réjouissantes que ce qu'on pouvait craindre y a 3 mois.
Cette semaine va vite doucher notre optimisme ou au contraire le rendre vraiment solide.
Si on termine la semaine prochaine sans avoir vu un nouvel arrivage de patients, est-ce que le risque de 2e vague ne pourrait-il pas être (quasi) totalement écarté au moins jusqu'à l'automne prochain ?

JL13

24/05/2020 à 21h55

Chi Lo sa ?

(Un film d’un autre grand marseillais.......)

 

Maurice Eculé

25/05/2020 à 00h53

@Kireg
Mettons 10% de non-immunisés préalablement infectés jusque là (estimation optimiste actuelle), il faudrait au moins 30-40% d'immunisés préalables parmi la population pour avoir atteint l'immunité collective.
Un tel chiffre semble incompatible avec les taux d'attaques très importants constatés dans des environnements fermés (60% dans les porte-avions, plus de 80% dans une chorale), non ?
Par ailleurs, si le virus circulait 2 ou 3 fois plus qu'estimé, cela ne se verrait pas par la phylodynamique ?

Pour ma part, je place davantage mes espoirs d'absence de 2e vague sur le raisonnement de l'article posté par liquido : https://bit.ly/36dX22C. La majorité des malades ne contamine personnes, la dynamique de l'épidémie tient aux contaminations lors de grands rassemblements en intérieur. En conséquence, des mesures relativement simples suffisent à contrarier efficacement la propagation du virus. C'est compatible avec la saturation des cas avant l'immunité collective en Suède et avec le redémarrage faible de l'épidémie dans les pays ayant déjà cessé le confinement strict depuis plus longtemps.