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Rolfes Reus

13/04/2019 à 21h48

Kireg
aujourd'hui à 19h22
forezjohn
aujourd'hui à 19h05
——
Quand on nous l’enseignait vers 2010, on nous disait que les modifications épigénétiques, par definition, n’étaient pas transmise à la descendance.
_____

Pour le coup si on te l'a appris comme ça c'est un peu un contresens, la définition stricte de l'épigénétique impliquant la transmission à la descendance. Depuis le sens a été élargi à l'usage pour inclure un peu tout ce qui affecte l'expression des gènes, transmissible ou pas (c'est encore une source de débats dans le domaine d'ailleurs, pour en établir une définition claire et définitive).

On a des exemples de tous les cas de figures, la méthylation de l'ADN par exemple peut être transmise à la descendance, certaines modifications de la chromatine sont transmises au cour de la division cellulaire (on peut considérer ça comme une transmission à la descendance, surtout si on pense à des organismes unicellulaires comme les levures), d'autres sont très dynamiques et ne sont pas transmises directement pour ce qu'on en sait.

Quelle part ces phénomènes jouent dans l'évolution ? C'est une bonne question et je pense qu'on est encore un peu loin de pouvoir y répondre !

Milan:
"On ne peut pas tout mettre sur le dos de mutations qui, pour une bonne partie d'entre elles, comme par magie, iraient dans le sens de l'adaptation à notre environnement."

Justement les mutations sélectionnées sont une toute petite partie du total, seulement ce sont les seules qu'on peut observer puisque les autres ont disparu. C'est un processus qui se fait sur de très nombreuses générations, et la mutation n'est pas un évènement si rare que ça (on estime 100 à 200 mutations transmises par génération chez l'humain ).
Pour la phalène si je ne me trompe pas c'est un phénotype qui existait déjà, il s'est simplement retrouvé surreprésenté dans un environnement où il était plus adapté (et ça prend moins longtemps d'avoir plein de générations de papillons pour voir un effet relativement rapide).

Milan de solitude

13/04/2019 à 22h30

Rolfes Reus
aujourd'hui à 21h48

Justement les mutations sélectionnées sont une toute petite partie du total, seulement ce sont les seules qu'on peut observer puisque les autres ont disparu. C'est un processus qui se fait sur de très nombreuses générations, et la mutation n'est pas un évènement si rare que ça (on estime 100 à 200 mutations transmises par génération chez l'humain ).

---

Certes, mais je n'arriverais pas à croire que le seul moteur de l'évolution soit le hasard des mutations. C'est trop peu fiable. Par exemple, l'espèce saurait-elle bien s'adapter à un changement d'environnement relativement rapide, si c'était le cas ?

Kireg

13/04/2019 à 22h42

J’avais un prof qui nous avait dit que les mutations génétiques et l’évolution, c’était comme tirer à la mitraillette sur une voiture pour la rendre plus rapide. Aucune chance que cela fonctionne, et pourtan... le miracle parfois se produit.

L’evolution et les mutations génétiques, c’est le temps long. Aucune chance de s’adapter par ce biais en cas de crise soudaine. Des espèces en font les frais en permanence, et d’autres, opportunistes, en profitent. Les petits mammifères ont su tirer leur épingle du jeu il y a 65M d'années.

Pourquoi ce mécanisme ne pourrait-il pas suffire à l’évolution Milan ?

Milan de solitude

13/04/2019 à 23h04

Les petits mammifères ont survécu au contraire des dinosaures car ils étaient déjà petits au moment des éruptions volcaniques couplées à la chute d'un gros météorite ! Mois de besoins nutritifs, plus de facilité à se cacher, plus d'individus (je suppose) donc plus de facilité à se reproduire... Ils partaient avec un temps d'avance. Ensuite, la génétique ne peut pas tout.
Par ailleurs, l'apparition de la vie est assez miraculeuse pour qu'elle ne suppose pas, en plus, le miracle de la survie dans le temps long par les prodiges sans cesse renouvelés des mutations au petit bonheur. Ça paraît trop "coup de dé".
Autre chose : puisque nous parlons de temps long, il faut bien se rendre compte que nous sommes en 2019. Eh oui ! Et en 3019, la connaissance scientifique aura progressé, on (quand je dis "on", je m'entends) aura sans doute trouver d'autres mécanismes. Pourquoi l'évolution par les mutations serait-elle le point final de ce que nous savons sur l'évolution ? Ce serait paradoxal.
De toute façon, on sait maintenant que les phénomènes épigénétiques existent. Et il y en a sans doute beaucoup d'autres.
(Prenez tout cela comme les considérations d'un type qui n'a pas plus de hauteur de vue qu'un autre.)

Kireg

13/04/2019 à 23h24

C’est marrant, en ce qui me concerne, les mutations dans le temps long me satisfont totalement. Ça me paraît satisfaisant comme explication, quoi. Pour autant, je suis d’accord, d’autres hypothèses et découvertes essaimeront et enrichiront notre compréhension.

Ce que j’entendais avec mes dinosaures, c’est surtout qu’en disparaissant, ils ont laissé place nette pour permettre le développement de la branche des mammifères : http://tinyurl.com/yxrlqpc2

Tu vois dans les mutations des “coups de dés”, j’y vois des “coups de sonde”. Des tentatives permanentes. Des tests continuels. C’est assez élégant comme idée, au final. Je ne vois pas où se situe le paradoxe que tu évoques. Mais bon, un certain physicien soutenait déjà que “Dieu ne jouait pas aux dés”, et il se trompait (smiley clin d’oeil).

Enfin, pourquoi rapprocher apparition de la vie et théorie de l’évolution ?
Sur l’apparition de la vie, on se sait quasiment rien. Et pour le coup, le soupe primitive de Miller ne me plaît pas des masses.

Mais on ne va pas encore diverger, déjà que j’ai le sentiment d’accaparer ce fil pour pas grand-chose d’intéressant.

forezjohn

13/04/2019 à 23h53

Kireg
aujourd'hui à 19h22
forezjohn
aujourd'hui à 19h05
——
Quand on nous l’enseignait vers 2010, on nous disait que les modifications épigénétiques, par definition, n’étaient pas transmise à la descendance. Il semblerait aujourd’hui que ce ne soit pas aussi simple. Tu es d’accord ?
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Alors attention tout ce qui suit est une pure opinion, je m'intéresse à la science donc ça ne sort pas totalement de nulle part et donc je pense que c'est plausible, mais je n'ai aucun papier pour appuyer.

Bon déjà histoire de faire ricaner un coup je suis persuadé de la validité de l'épigénétique depuis que j'ai lu Dune étant ado, alors qu'à l'époque on en était clairement au gène immuable et des mutation éventuelles mais rien d'autre d'envisageable. Sur le principe le fait de transmettre son expérience à sa descendance est tellement puissant qu'il m'a toujours semblé qu'il devait exister ne serait-ce que parce que l'espèce qui aurait développé ça aurait un avantage considérable sur tous les autres et que la sélection naturelle n'aurait du mener à n'avoir que des espèces en disposant.

Ensuite pour préciser ma pensée et te répondre : oui les caractéristiques modifiée par l'environnement sont transmises à la descendance mais comme je vois les choses il me semble que cette modification doit pouvoir être réversible chez la descendance sous certaines conditions.
Comme je vois ça on pourrait avoir un environnement hyperstressant chez des souris qui entraine une modification épigénétiques qui les rend plus agressives ce qui constitue alors un avantage et puis quelques générations plus tard l'environnement a changé il est moins stressant, les descendants n'ont plus besoin d'etre agressif pour s'en sortir mais de collaborer et ce nouveau "stress" ferait se résorber la modification précédente(ou entrainerait une modification ailleurs pour contrebalancer la première)

Kireg

14/04/2019 à 12h13

Transmissible, mais modifiable rapidement, en somme. C'est aussi comme ça que les papiers récents semblent la décrire.
Merci de ta réponse.

Jean-Huileux de Gluten

14/04/2019 à 12h17

Kireg
13/04/2019 à 22h42

Mais on ne va pas encore diverger, déjà que j’ai le sentiment d’accaparer ce fil pour pas grand-chose d’intéressant.

-----------

Là j'interviens. Détrompe-toi, en tant que béotien je lis avec énormément d'intérêt, et si tu as l'impression de parler tout seul, c'est parce que les gens comme moi n'ont pas grand chose à rajouter. Bon, y a aussi une chance que je sois le seul, mais ce serait tout aussi improbable que l'apparition de la vie.


Sinon, pour ce que je comprends du rôle du hasard, j'avais entendu expliqué par un vulgarisateur que c'est justement l'omniprésence du hasard qui fait qu'on a du mal à l'admettre. Les choses sont comme elles sont, et les chances qu'elles le soient étaient infimes, ce qui suggère à notre cerveau l'idée d'une finalité. Or, si elles étaient autrement, les chances auraient été tout aussi infimes et le miracle tout aussi improbable. Ce que tu dis, Milan, ça me fait penser à ça. Et surtout, supposer que l'apparition de la vie et sa capacité à se maintenir sont liées, c'est très audacieux. La vie a pu apparaître à bien des endroits sans que cela ne dure. Chez nous, ça a duré, et c'est pour cela que nous sommes là pour y penser. Dieu a fait un Yams en un coup, en quelque sorte, on ne sait pas combien de fois il a fait autre chose. Et encore, là je fais un gros abus en suggérant que ce qui se passe sur Terre est mieux que le reste.

Milan de solitude

14/04/2019 à 13h12

Je ne nie pas le rôle du hasard, loin de là. Mais je pense que, quand on passe de la physique, la chimie, la biochimie d'une part, à la physiologie, la biologie d'autre part, on entre dans des systèmes où la place laissée au hasard est moindre, bien qu'il y joue toujours un rôle. La survie ne peut à mon avis pas uniquement reposer sur le hasard, sinon, tout l'édifice patiemment et miraculeusement bâti serait beaucoup trop fragile et pourrait dégénérer soudainement.
Je prends l'exemple de l'alimentation, activité indispensable à la survie : un animal sait intuitivement, en général, si un aliment est nocif pour lui. La digestion ne se fait pas au hasard, l'intestin est organisé de telle sorte qu'il fait telles choses de ce qu'il ingère, etc. Les comportements et les phénomènes intervenant dans l'alimentation se sont peut-être bâtis sur le hasard, mais aujourd'hui ils établissent un système relativement sûr qui permet de persévérer dans son être et, partant, de perpétuer l'espèce.
Je pense que l'évolution fonctionne de façon analogue : les organismes, surtout ceux qui sont sophistiqués, comme les animaux, ont mis en place des mécanismes, des systèmes, qui fonctionnent de sorte à minimiser les risques, donc, sinon à laisser moins de place au hasard, à faire que le hasard s'exprime de la façon la plus positive possible. Par exemple, la façon dont s'est établi le codage génétique fait qu'une mutation se révélera souvent muette : place moindre laissée au hasard.

Jean-Huileux de Gluten

14/04/2019 à 13h53

C'est marrant, j'ai l'impression qu'on a deux façons différentes de considérer la chose. Bon, n'étant pas connaisseur, je ne pense pas que la mienne vaille mieux, mais du coup la voila :

- Quand on parle d'évolution, à la place de dire : "un animal sait intuitivement, en général, si un aliment est nocif pour lui", je dirais plutôt : celui qui ne sait pas meurt avant de se reproduire, ou en tout cas se retrouve avec un désavantage. Ce qui fait qu'à un moment, certains savent et font fructifier cet avantage sur la génération suivante, c'est là que se situe le hasard.

- Peut-être que ce que tu veux dire, c'est que la sélection réduit le hasard, mais j'ai du mal à le voir comme ça puisque les mutations continuent. D'ailleurs, quand la population d'une espèce augmente grâce à un avantage acquis par hasard, le nombre de mutation augmente aussi pour la génération d'après. La bibliothèque est plus grande, en quelque sorte.

- "La survie ne peut à mon avis pas uniquement reposer sur le hasard, sinon, tout l'édifice patiemment et miraculeusement bâti serait beaucoup trop fragile et pourrait dégénérer soudainement." Toujours pareil, c'est la sélection qui fait ce travail, l'avantage de fertilité acquis par ceux qui sont "adaptés" à la survie. Que ça puisse dégénérer soudainement ? Ben oui, ça doit arriver tout le temps, et c'est ce qui sélectionne. Là je vais demander aux connaisseurs de me corriger rapidement si besoin, mais quand on parle d'acquisition de certaines caractéristiques, les plus rapides, on oublie souvent d'expliquer qu'il s'agit d'un génocide. Si une population a développé un truc qui rend obèse aujourd'hui à cause d'un régime alimentaire inadapté, c'est qu'à un moment, seuls ont survécus (ou se sont reproduits) ceux qui avaient cet avantage. Les autres, ils sont morts de faim. J'exagère probablement, mais certaines acquisition doivent correspondre à des génocides, non ?

 

Kireg

14/04/2019 à 14h22

Milan de solitude
aujourd'hui à 13h12
-------
Beaucoup d'idées dans ton message. Je te réponds point par point. Et j'en profite pour te remercier car cette discussion, pour moi en tout cas, est stimulante.

"Je ne nie pas le rôle du hasard, loin de là. Mais je pense que, quand on passe de la physique, la chimie, la biochimie d'une part, à la physiologie, la biologie d'autre part, on entre dans des systèmes où la place laissée au hasard est moindre, bien qu'il y joue toujours un rôle."

Je ne suis pas certain de bien comprendre ce que tu entends par "hasard" dans ce contexte. Que les mécansimes qui régissent la vie soient incroyablement subtils, là oui, je te suis. Je me souviens de cours de fac sur des choses comme les régulations allostériques en biochimie, la régulation de l'initiation de la traduction des protéines, les pompes et les canaux ioniques qui font battre nos coeurs... tu te dis qu'un tel degré de perfection ne peut être que divin ou appartenir à l'infini. Infini des essais, des ratés, et des miracles improbables rendus possibles par ces infinis. Le darwinisme, une fois encore, me satisfait dans ce cadre.

D'ailleurs je vais le citer sur la perfection de l'oeil :

"Il semble absurde au possible, je le reconnais, de supposer que la sélection naturelle ait pu
former l’œil avec toutes les inimitables dispositions qui permettent d’ajuster le foyer à
diverses distances, d’admettre une quantité variable de lumière et de corriger les aberrations
sphériques et chromatiques. La raison nous dit que si, comme cela est certainement le cas, on peut démontrer qu’il existe de nombreuses gradations entre un œil simple et imparfait et un œil complexe et parfait, chacune de ces gradations étant avantageuse à l’être qui la possède ; que si, en outre, l’œil varie quelquefois et que ces variations sont transmissibles par hérédité, ce qui est également le cas ; que si, enfin, ces variations sont utiles à un animal dans les conditions changeantes de son existence, la difficulté d’admettre qu’un œil complexe et parfait a pu être produit par la sélection naturelle, bien qu’insurmontable pour notre imagination, n’attaque en rien notre théorie."

Suite de ton message :

"La survie ne peut à mon avis pas uniquement reposer sur le hasard, sinon, tout l'édifice patiemment et miraculeusement bâti serait beaucoup trop fragile et pourrait dégénérer soudainement."

Je pense le stricte inverse. Le hasard fait sa force. Le hasard est indispensable au mouvement qu'est la vie. Je crois que c'est Wallace (ou Bate ou Belt) qui disait que les espèces cherchent constamment à diverger du modèle original. C'est là leur grande force. On parle parfois de la théorie de la Reine Rouge (d'après le personnage de Lewis Carroll dans "De l'autre côté du miroir"). Dans ce pays, il est indispenbsable de courir très vite... pour rester sur place.
Et je cite Wikipédia : L'hypothèse de la reine rouge est une hypothèse de la biologie évolutive proposée par Leigh Van Valen, qui peut se résumer ainsi : « l'évolution permanente d'une espèce est nécessaire pour maintenir son aptitude suite aux évolutions des espèces avec lesquelles elle coévolue ».

Je continue avec ton exemple :

"Je prends l'exemple de l'alimentation, activité indispensable à la survie : un animal sait intuitivement, en général, si un aliment est nocif pour lui."

Pas d'accord. C'est la base du mimétisme batésien. Certaines genouilles inoffensives pour leurs proies deviennent rouge vif telles les grenouilles mortelles afin d'être épargnées par le prédateur. Si trop de grenouilles inoffensives deviennent rouges, alors le prédateurs prêtera plus d'attention aux différences subtiles entre la vraie grenouille toxique et celle qui l'imite. Mais cela se fera au prix du test. Je goûte, je meurs, j'avais tort, et les autres prédateurs en tirent les leçons. Pas d'instinct ici. Du "payer pour apprendre".

Le grand truc de la théorie de Darwin, c'est qu'elle ignore totalement le pourquoi pour se concentrer sur le comment. Et c'est là que pour moi (avis purement perso) elle trouve sa limite. Je veux croire en un pourquoi. Et je pense que de nouvelles découvertes éclaireront ce point. Il doit (il faut) que tout ceci ait un but. Quelle tristesse sinon.

Je termine ton message :

"La digestion ne se fait pas au hasard, l'intestin est organisé de telle sorte qu'il fait telles choses de ce qu'il ingère, etc. Les comportements et les phénomènes intervenant dans l'alimentation se sont peut-être bâtis sur le hasard, mais aujourd'hui ils établissent un système relativement sûr qui permet de persévérer dans son être et, partant, de perpétuer l'espèce."

Oui. La théorie évolutionniste est claire sur ce point : sont sélectionnées les mutations qui apportent un avantage compétitif dans un environnemnt (alimentaire dans ce cas). Des mutations qui ont permis de développer un intestin favorsiant l'ingestion de nutriments présents dans l'environnement ont été séléctionnées.

Fin :

"Je pense que l'évolution fonctionne de façon analogue : les organismes, surtout ceux qui sont sophistiqués, comme les animaux, ont mis en place des mécanismes, des systèmes, qui fonctionnent de sorte à minimiser les risques, donc, sinon à laisser moins de place au hasard, à faire que le hasard s'exprime de la façon la plus positive possible. Par exemple, la façon dont s'est établi le codage génétique fait qu'une mutation se révélera souvent muette : place moindre laissée au hasard."

Tu évoques un "pourquoi" avec cette idée de minimiser les risques. Une quasi-conscience de la séléction. C'est un point de vue intéressant. J'imagine que, dans cet exemple, tu parles de la redondance et du flottement du code génétique "le wobble pairing" en V.O. Cela s'insrit bien dans la théorie évolutive. Je reste sur le "comment". Ceci a très bien pu être sélectionné.